class Chem::Structure::Builder

• Chem::Structure::Builder
• Reference
• Object

Defined in:

chem/core/structure/builder.cr

Constructors

• .new(structure : Structure | Nil = nil, guess_topology : Bool = true)

Instance Method Summary

• #atom(name : String, serial : Int32, coords : Spatial::Vector, **options) : Atom
• #atom(element : Element | Symbol, coords : Spatial::Vector, **options) : Atom
• #atom(name : String, coords : Spatial::Vector, **options) : Atom
• #atom(coords : Spatial::Vector, **options) : Atom
• #bond(name : String, other : String, order : Int = 1) : Bond
• #bond(i : Int, j : Int, order : Int = 1, aromatic : Bool = false) : Bond
• #bonds(bond_table : Hash(Tuple(Int32, Int32), Int32)) : Nil
• #build : Structure
• #chain(id : Char) : Chain
• #chain : Chain
• #chain(id : Char, & : self -> ) : Nil
• #chain(& : self -> ) : Nil
• #current_chain : Chain | Nil
• #current_residue : Residue | Nil
• #expt(expt : Structure::Experiment | Nil)
• #lattice(a : Spatial::Vector, b : Spatial::Vector, c : Spatial::Vector) : Lattice
• #lattice(a : Float64, b : Float64, c : Float64) : Lattice
• #lattice(lattice : Lattice | Nil)
• #lattice : Lattice | Nil
• #lattice! : Lattice
• #residue(name : String, number : Int32, inscode : Char | Nil = nil) : Residue
• #residue(name : String) : Residue
• #residue : Residue
• #residue(name : String, number : Int32, inscode : Char | Nil = nil, & : self -> ) : Nil
• #residue(name : String, & : self -> ) : Nil
• #secondary_structure(i : Tuple(Char, Int32, Char | Nil), j : Tuple(Char, Int32, Char | Nil), type : Protein::SecondaryStructure) : Nil
• #secondary_structure(ri : Residue, rj : Residue, type : Protein::SecondaryStructure)
• #seq(seq : Protein::Sequence | Nil)
• #title(title : String)

Constructor Detail

Instance Method Detail